การดำเนินงานของสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีตลอดระยะเวลาที่ออกอากาศนั้น มีเสียงวิพากษ์วิจารณ์มาจากกลุ่มบุคคลบางส่วน ถึงความเหมาะสมในการดำเนินงาน โดยเฉพาะกลุ่มหนังสือพิมพ์ผู้จัดการที่มีนายสนธิ ลิ้มทองกุลเป็นผู้นำ ซึ่งวิพากษ์วิจารณ์ถึงการทำงานของสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี ไม่ว่าจะเป็นการจัดตั้งสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี ทั้งๆที่ไม่มีกฎหมายรองรับ รวมถึงการรับพนักงานทั้งหมดของสถานีโทรทัศน์ไอทีวีเดิมเข้าทำงานต่อ ทั้งๆที่พนักงานทั้งหมดนี้คือพนักงานจากบริษัทเอกชน แต่กลับได้รับเข้าทำงานต่อ ในลักษณะคล้ายคลึงกับการเป็นพนักงานลูกจ้างของรัฐ

และในช่วงหลังของการดำเนินงานสถานี เริ่มมีเสียงวิพากษ์วิจารณ์ถึงการทำงานของสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี ที่มีบางฝ่ายมองว่าการนำเสนอข่าวของสถานี เป็นไปในทางให้การสนับสนุน พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี โดยเฉพาะในช่วงใกล้การเลือกตั้งวันที่ 23 ธันวาคม พ.ศ. 2550 ที่มีบางฝ่ายมองว่าสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีนำเสนอข่าวไปในแนวทางสนับสนุนพรรคการเมืองบางพรรคอย่างชัดแจ้ง นอกจากนี้ ยังมีกรณีที่ นายจอม เพชรประดับ ผู้ดำเนินรายการตัวจริง ชัดเจน เดินทางไปยังเขตปกครองพิเศษฮ่องกง เพื่อเข้าสัมภาษณ์พิเศษกับพ.ต.ท.ทักษิณ ในช่วงที่กำลังจะใกล้ถึงการเลือกตั้ง ทำให้ถูกวิพากษ์วิจารณ์ถึงความเหมาะสม จนทำให้เทปการสัมภาษณ์นั้นถูกนายนพพร พงษ์เวช รักษาการผู้อำนวยการสถานีค้องสั่งระงับการออกอากาศไปอย่างไม่มีกำหนด และได้มีการตั้งคณะกรรมการสอบข้อเท็จจริงในกรณีนี้ แต่สุดท้ายแล้ว ทางสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี ก็ยอมนำเทปการสัมภาษณ์พ.ต.ท.ทักษิณ ในรายการตัวจริง ชัดเจน ออกอากาศทางสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี

อย่างไรก็ดี การทำงานภายในสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีในช่วงแรก ไม่ราบรื่นอย่างที่หลายฝ่ายคาดการณ์ไว้ เพราะเนื่องจากในช่วงที่คณะรัฐมนตรีกำลังพิจารณาอยู่ว่าจะหาวิธีการรองรับการทำงานของสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีอย่างไร พนักงานทั้งหมดในสถานีนั้นต่างทำงานโดยไม่ได้รับค่าตอบแทนใดๆทั้งสิ้น ส่งผลให้เริ่มมีพนักงานสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีบางส่วนลาออกจากสถานีไม่ว่าจะเป็น กิตติ สิงหาปัด ที่ย้ายไปอยู่ทางโมเดิร์นไนน์ทีวี, สายสวรรค์ ขยันยิ่ง ที่ย้ายไปอยู่ทางช่อง 7 สี, ชัยรัตน์ ถมยา และ ประวีณมัย บ่ายคล้อย ที่ย้ายไปอยู่ทางช่องทีเอ็นเอ็น 24 เป็นต้น ทำให้เป็นที่จับตาว่าสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีจะสามารถดำรงอยู่ได้หรือไม่ แต่สุดท้ายแล้ว ทางคณะรัฐมนตรีก็ตัดสินใจที่จะรองรับการทำงานของสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี ด้วยการจัดตั้งหน่วยบริการรูปแบบพิเศษ (Service Delivery Unit : SDU) ภายใต้ชื่อสำนักงานบริหารกิจการสถานีวิทยุโทรทัศน์ระบบ ยู เอช เอฟ เฉพาะกิจ (หน่วยบริการรูปแบบพิเศษ)[5] เพื่อรองรับการทำงานของสถานีเป็นการชั่วคราว ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2550 ทำให้สถานการณ์ของสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีเริ่มดีขึ้น

ทว่าในช่วงเดือนธันวาคม พ.ศ. 2550 ทางกรมประชาสัมพันธ์โดยนายปราโมช รัฐวินิจ อธิบดีกรมประชาสัมพันธ์ได้ลงนามในคำสั่งโยกย้ายผู้บริหารฝ่ายข่าวจำนวน 11 คน [6] ซึ่งรวมถึงนายอัชฌา สุวรรณปากแพรก ผู้อำนวยการฝ่ายข่าว โดยแต่งตั้งให้ นายสนธิญาณ ชื่นฤทัยในธรรม อดีตบรรณาธิการฝ่ายข่าวของสำนักข่าว INN มาดำรงตำแหน่งแทน ส่งผลให้พนักงานฝ่ายข่าวสถานีโทรทัศน์ทีไอทีวีบางส่วน ไปยื่นคำร้องต่อศาลปกครองเพื่อขอให้มีคำสั่งคุ้มครองชั่วคราวระงับคำสั่งแต่งตั้งนายสนธิญาณมาเป็นผู้อำนวยการฝ่ายข่าวของสถานี ซึ่งศาลปกครองได้ให้คำสั่งคุ้มครองชั่วคราว [7]

แต่ในช่วงหนึ่ง เมื่อวันที่ 31 ตุลาคม พ.ศ. 2550 นั้น ได้มีการประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติครั้งหนึ่ง ซึ่งทางภาครัฐ ได้เสนอให้สมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ทำการลงมติการแปรสภาพเป็นสถานีโทรทัศน์สาธารณะ ระหว่าง สถานีวิทยุโทรทัศน์แห่งประเทศไทย และ สถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี ซึ่งเป็น 2 กิจการสถานีโทรทัศน์ที่ กรมประชาสัมพันธ์ เป็นผู้กำกับดูแล ซึ่งผลปรากฏว่า สมาชิก สนช. ได้ลงมติให้สถานีโทรทัศน์ทีไอทีวี มีคะแนนมากกว่า สถานีวิทยุโทรทัศน์แห่งประเทศไทย ด้วยคะแนน 106 ต่อ 44 เสียง จึงเป็นที่แน่ชัดว่า ทีไอทีวี ได้มาถึงการก้าวระดับสู่สถานีโทรทัศน์สาธารณะในปี พ.ศ. 2551 โดยสังกัด องค์การกระจายเสียงและแพร่ภาพสาธารณะแห่งประเทศไทย ส่วน สถานีวิทยุโทรทัศน์แห่งประเทศไทย กรมประชาสัมพันธ์ (สทท.11) ในฐานะเป็นฝ่ายตรงข้าม ก็ได้ก้าวมาเป็น เอ็นบีที หรือ National Broadcasting Services of Thailand แทน